教育部尊重全國性公民投票案第11案結果，為了實現該公民投票案的內容，研擬性別平等教育法施行細則第13條修正草案並預告，參採該公投案理由書的內容，及依照性別平等教育法規定，同時納入性侵害、性騷擾與性霸凌防治教育課程，以充實國民中小學性別平等教育的課程內涵。
教育部說明性別平等教育法施行細則第13條修正草案，重點如下：
一、參採該公投案理由書之內容：公民投票案第11案理由書提及「透過性平法第12條關於『學校應提供性別平等之學習環境，尊重及考量學生與教職員工之不同性別、性別特質、性別認同或性傾向，並建立安全之校園空間』之規定，本可實現尊重不同性傾向、促進性別地位之實質平等的性平法立法精神。」
二、依性別平等教育法規定：性別平等教育相關課程，除情感教育、性教育之外，依性別平等教育法第2條、第12條、第14條及第17條等規定，應涵蓋認識及尊重不同性別、性別特徵、性別特質、性別認同、性傾向教育。
三、納入性侵害、性騷擾、性霸凌防治教育課程：「校園性侵害、性騷擾及性霸凌之防治」是性別平等教育法的重要規定及立法目的，向為教育部所重視，且「性騷擾、性侵害與性霸凌的防治」已明定於十二年國民基本教育課程綱要國民中小學健康與體育領域「附錄二」。
四、符合兒童權利公約：兒童權利公約、兒童權利公約施行法、兒童權利公約一般性意見、兒童權利公約國家報告國際審查會議結論性意見等，均提及應確保兒童在性別、性取向、性別認同，以及青少年在性傾向，有不受歧視權。
為了實現全國性公民投票案第11案內容，教育部蒐集了各界意見，並且在108年3月12、14日辦理2場「性別平等教育法施行細則第13條修正草案諮詢會議」，邀請公投11案提案團體及社會各界團體提供意見，以書面配合當面溝通的方式，進一步蒐集更詳細且完整的建議意見，據此研擬了性別平等教育法施行細則第13條修正草案並預告。
（行政院公報資訊網之預告網址如下：https://gazette.nat.gov.tw/egFront/advancedSearchResult.do?action=doQuery&chapter=5&log=browseLog&clickfunc=0205）
教育部表示，長期以來致力促進性別地位的實質平等，消除性別歧視、維護人格尊嚴，厚植並建立性別平等的教育資源與環境，期望各界也能提供意見，共同努力杜絕校園中的性騷擾、性霸凌以及性侵害事件。