臺東基督教醫院與臺大醫院簽署醫療合作，由臺大醫院提供教育訓練、醫療服務支援、轉診治療及教學交流，此外，今年12月27日起，專精於動脈硬化性心臟病及心臟衰竭治療的臺大心臟內科醫師李啟明，將駐診東基為臺東民眾服務。
東基醫療財團法人執行長呂信雄表示，東基雖然位於醫療資源不足地區，卻本著「哪裡有需要，就往哪裡去」的理念，努力成為一間深入社區的醫院，更積極充實院內醫療品質，近年相繼與和信治癌中心醫院、臺大醫院合作，擴充醫療量能。
東基表示，2016年，曾任臺大醫院骨科部的吳欣翰醫師加入東基醫療團隊，並開啟與臺大小兒骨科團隊「無縫接軌」。今年8月，更進一步與臺大醫院簽署醫療合作，臺大醫院提供教育訓練、醫療服務支援、醫療技術指導及教學交流，以及雙方得視病患醫療需要，相互轉診治療。
2院簽署醫療合作後，專精於動脈硬化性心臟病及心臟衰竭治療的臺大醫院內科臨床教授李啟明醫師，自12月27日起將在東基開設心臟內科門診，成為首位透過醫療合作，到東基開設「教授門診」的醫師。
東基指出，2012年9月，東基與和信治癌中心醫院合作，開啟2院癌症照護「無縫接軌」計畫，包含血液暨腫瘤內科醫師劉漢鼎、放射腫瘤科鄭鴻鈞醫師陸續進駐東基開診，新添購的癌症放射治療「直線加速器」完成安裝，現正進入測試階段，預計明年農曆年後開始提供服務，癌症醫療大樓硬體工程進度也達97%。
另外，東基已通過評定急診具備中度級能力，明年起有為期4年的衛生福利部「醫中計畫」（醫學中心或重度級急救責任醫院支援離島及醫療不足地區緊急醫療照護服務獎勵計畫）補助，屆時將有奇美醫院心臟內科、彰化基督教醫院神經內科醫師，提供門診、住院及重症的醫療服務，將醫學中心級的醫療帶進東基。