為強化校園午餐的衛生安全，食品藥物管理署歷年針對供應校園午餐的學校自設廚房及團膳業者，進行專案稽查與抽驗，確保學童食用衛生安全。
食藥署說明，針對全國國中、小學的校園午餐自設廚房，依據學校衛生法第22條規定由農業或衛生主管機關抽驗學校食品之衛生安全及品質，每學年至少一次。111年截至6月已稽查1,269家，其中85家初查有不符食品良好衛生規範準則(GHP)的規定，經命限期改正後均複查合格。另有關抽驗部分，衛生單位抽驗1,320件午餐成品(午餐菜餚)及半成品(豆製品等)檢驗食品中微生物衛生標準或食品添加物等項目，結果均符合規定。
供應校園午餐的團膳業者每學期皆會執行稽查至少1次，針對現場作業環境衛生進行查核並抽驗午餐成品及半成品進行檢驗。111年截至6月已稽查316家次，初查不符合食品良好衛生規範準則(GHP)者經命限期改正後均複查合格，並抽驗317件午餐成品及半成品，檢驗結果均符合規定。
而針對有關石斑魚納入學校午餐菜單一事，食藥署將於111年下半年執行供應校園午餐的團膳業者稽查專案時進行抽驗。