中央流行疫情指揮中心今天(3日)公布國內新增25,009例確定病例，分別為360例境外移入及24,649例本土個案，新增12人為中症、15人為重症、22例死亡個案，指揮中心表示，今天的確診數與上週同期相比差距不大，研判是假日效應，但疫情仍在上升階段，民眾不可放鬆防疫措施，仍建議施打BA.4、BA.5次世代疫苗。
國內疫情升溫，上週一整週確診個案數比上上週增加了42.9%，指揮官王必勝表示，國內本土疫情升高幅度正在加速，初步估計高峰將落在1月底至2月初，單日平均確診人數可能達4萬人次上下，提醒民眾特別注意年前的餐會、聚會、尾牙等，飲食以外的時間都要戴上口罩，身體不適就待在家休息。
中國本土疫情嚴峻，除了中國直航入境我國航班旅客須配合在機場唾液PCR檢驗之外，指揮官王必勝也宣布，自今年1月6日起到1月31日，調整自中國啟程經港、澳轉機入境臺灣的旅客加強檢疫方案，須持有啟程地搭機前48小時內PCR檢驗報告或24小時內抗原快篩檢驗報告。
至於在本土定序的部分，上週新增26例BA.5、8例BA.2.75、6例BQ.1及2例BF.7，指揮中心表示，BQ.1在世界各地占比已達45%，逐漸成為主流病毒株，而我國BQ.1個案比例也從3%增加到14%，建議民眾接種BA.4、BA.5次世代疫苗，增加保護力。