0403地震至今餘震不斷，昨天（4日）晚間與今天（5日）凌晨再發生2起芮氏規模5以上餘震。中央氣象署表示，較大規模餘震已趨於平緩減少，但不排除還有規模5到6的餘震，不過要發生比規模7.2更大地震的機會比較低。
中央氣象署說明，根據統計資料顯示，0403地震後發生的餘震，至5日上午已達近500起，目前規模5至6的地震有18個，已逐漸趨於穩定，顯著有感的餘震也維持在約114起左右，反而是規模較小、小區域的有感餘震陸續會進行能量釋放。不過臺灣地區位於環太平洋地震帶上，仍然可能隨時發生地震，民眾須做好相關的防震準備，固定住家重物與不放置於高處，以免成為地震時的傷害來源。
中央氣象署地震測報中心吳健富主任表示，從趨勢來看，餘震數量慢慢趨於以小地震為主，但不排除還是有規模5到6地震會發生，不過要發生比規模7.2更大的地震機率較低，因為一個地震要達到一定能量的標準，需要有一定的發展空間，像是規模7.2地震斷層長度約在100公里左右，如果要發生更大的地震，斷層長度就要超過100至120到130公里，這次花蓮地震震央附近來看，再發生更大地震機會比較低。
吳健富主任提醒民眾，由於餘震不斷加上有鋒面來臨，山區道路土石鬆軟濕潤，容易造成山崩落石，呼籲民眾進行出遊規劃時避開危險區域，以保障自身安全。