111年中央畜產會進口雞蛋一案，農業部調查後發現，畜產會經費核銷都有合法憑證，採買生鮮雞蛋不適用採購法，但是畜產會在「冷藏倉儲租金和運費」沒有依採購法作業，農業部據此向畜產會主動追回超過50%的補助款項，共計368.8萬元。
農業部說明，畜產會111年辦理雞蛋進口的冷藏倉儲租金和運費沒有依照採購法辦理，因此所獲補助不得超過採購金額半數以上，農業部據此向畜產會追回超過50%的補助款項，111年雞蛋緊急調度與產銷調節計畫中冷藏倉儲租金和運費原核定金額共約1,460萬元，實際核銷金額約723萬元，因此會向畜產會追回超過50%補助款項，共計368.8萬元。農業部表示，除了追回補助款項，也已將行政調查報告函請台北地檢署調查。