因應新型冠狀病毒演變以及世界衛生組織疫苗株建議，經衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組討論後，決定採用單價JN.1疫苗作為新版新冠疫苗，10月1日起與流感疫苗同步開打，儘早提供民眾接種，提升免疫保護力，防範秋冬疫情威脅。
世界衛生組織針對今年COVID-19疫苗抗原組成，建議使用單價JN.1作為新疫苗抗原成分，以提升對抗主流病毒株的免疫保護力，衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組召集人李秉穎表示，目前世界各地在挑選疫苗也都是以JN.1為主，且以現有的科學證據而言，JN.1、KP.2、KP.3變異相差程度不高，JN.1疫苗都可以對這些變異株產生相當的保護效果，因此WHO推動JN.1作為新版疫苗抗原的建議。
疾管署發言人曾淑慧提醒，今年10月1日起單價JN.1疫苗將與流感疫苗同步分兩階段開打，新冠為滿6個月以上民眾皆可接種，流感則是第一階段10月1日實施對象包含醫事人員、防疫人員、65歲以上長者等，第二階段11月1日針對50歲以上沒有高風險慢性病的成人。至於校園接種，署長莊人祥表示，會尊重學校的疫苗接種規劃，並由衛生局做妥善安排。
疾管署表示，後續將依疫苗進口期程，再另行公布相關接種規劃資訊，以提供國人接種，增進免疫保護力，降低重症及死亡風險。