10月起流感、新冠疫苗開打，目前開打滿1周。但受到颱風假影響，流感疫苗則只有去年同期的65%。今年流感疫情不排除受到氣溫下降的影響，會提早在11月初開始流行，呼籲民眾踴躍施打疫苗。
東北季風增強來襲，近期氣溫也開始逐步下降，流感及新冠等呼吸道傳染病疫情可能會提前升溫，疾管署發言人羅一鈞呼籲，符合第一階段資格的民眾，請踴躍接種疫苗。流感疫苗接種進度人數較去年同期略低，截至10月7日止，開打一周公費流感疫苗接種約73.1萬人次，疫苗接種率約11.3%，但往年第一週接種數預估高達百萬人。新冠疫苗累積接種17.9萬人次，為去年同期8.1萬人的2.2倍，研判是兩疫苗同時開打促進民眾接種新冠疫苗意願和便利性有關。
颱風過後一周也是病媒蚊孳生期，且近來北部常出現豪大雨，請民眾主動「巡、倒、清、刷」積水容器，以免登革熱疫情反彈。疾管署也邀集病媒蚊專家、國衛院蚊媒中心、環境部等共同討論「因應國內埃及斑蚊北移專家會議」。發言人羅一鈞表示，預估會持續監測到明年春天，看埃及斑紋是否確定在雲林北港拓殖。
另外，我國新增1例越南境外移入麻疹病例，請民眾提高警覺，出現疑似症狀，應戴口罩儘速就醫並告知旅遊接觸史。依據疾管署監測資料顯示，今年上半年全球麻疹疫情驟升，其中以歐洲區累計報告逾9萬例病例最為嚴峻，至於我國鄰近國家今年疫情也較往年為高，馬來西亞、泰國每月達數百例，越南多地也傳出疫情上升。