受到康芮颱風影響，全臺許多地區持續有降雨機會，豪大雨可能導致道路積水或淹水，疾病管制署提醒民眾雨後務必清理家戶周遭孳生源，落實容器減量，減少病媒蚊孳生，並留意飲食衛生，同時應做好個人防護，避免感染傳染病，像是登革熱、鉤端螺旋體、類鼻疽、破傷風及腸道傳染病。
風災後一週為登革熱防治關鍵期，且本土登革熱疫情持續，籲請民眾主動巡檢居家環境，落實「巡、倒、清、刷」，仔細巡視戶內外容器，將積水倒掉並澈底清除，若有廢棄浴缸、水族箱等大型廢棄容器，可連絡清潔隊協助清運，留下的器物也要刷洗去除蟲卵後，妥善收拾或予以倒置，以降低社區病媒蚊密度及感染登革熱風險。
高風險民眾颱風天應儘量待在室內並避免開窗及建議於室內外皆佩戴口罩，避免吸入空氣中帶有病菌的塵土或水滴，降低感染機會，並呼籲民眾清理家園時務必穿著雨鞋或防水長靴、配戴防水手套及口罩，避免被生鏽器物刺傷或割傷，以防感染鉤端螺旋體病、類鼻疽、破傷風等傳染病。
風災地區蓄水池如遭污水侵入，應確實清洗、消毒後再蓄水，並將水澈底煮沸後再飲用；泡過水或解凍過久的食物請勿食用。居家環境可用市售含氯漂白水稀釋100倍擦拭；廚具及餐具應煮沸消毒，或用10公升清水加40毫升漂白水稀釋進行消毒，並以清水沖洗乾淨後再使用。限/停水地區務必飲用煮沸的開水或市售瓶裝水；恢復供水後，如發現給水有混濁、異色及異味時，請立即通報當地自來水事業單位處理。