監察委員范巽綠、林盛豐調查指出，小琉球沿海珊瑚礁生態系長期遭受破壞，致嚴重衰退與失能，尤以沿海遊憩活動密集區的珊瑚覆蓋率更為低落，權責機關顯有疏失，因此監察院通過糾正海洋委員會、觀光署、鵬管處及屏東縣政府。
監察委員指出，針對小琉球遊客量、遊憩行為等事項進行規劃、建設及管理，是屬鵬管處業務範疇，並由觀光署主管之，但鵬管處遊憩承載量評估並未考量海洋生態的影響，觀光署作為鵬管處上級機關，也難辭監督不力之咎。
另外，海委會長期以來既知小琉球環境承載量評估與海域生態息息相關，自可主動進行評估調查，以保護小琉球自然生態資源，避免海洋生態受到衝擊，但是海委會未善盡海洋生態主管機關權責，也沒有積極作為，反而寄託於觀光主管機關鵬管處所做的調查，任令小琉球周遭海域的海洋生態及生物多樣性趨於惡化、劣化，有所缺失。
監察委員范巽綠、林盛豐也強調，屏東縣政府對於熱門潮間帶遊客總量管制不力，有檢討改進之必要。