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丘逢甲返台之後，應唐景崧之聘，擔任台南崇文書院山長，兼台中宏文書院與嘉義羅山書院之主講。１８９４年甲午戰爭爆發，清廷認為日本人對臺灣早有企圖，令台灣巡撫邵友濂加強台灣防務，令台灣布政使唐景崧為臺防幫辦。丘逢甲是一個有全臺聲望的鄉紳，擔任「工部主事」的重要職務。

1894年，甲午戰爭爆發，丘逢甲奉旨督辦團練。次年，清軍戰敗，李鴻章與日本簽訂《馬關條約》，割讓臺灣，臺灣人民激憤，

一八九五年五月十五日丘逢甲率領台灣仕紳與唐景崧密談，發表「臺民佈告」，獨立意圖相當明顯。