丘逢甲內渡大陸後，先後主講潮州韓山書院、潮陽東山書院、澄海景韓書院，並與三弟樹甲共同成立嶺東同文學堂，為粵東乃至廣東第一所新式學堂。
1896年6月丘逢甲首次到廣州萬木草堂，其時草堂已被清廷取締，屋宇也早也歸還丘家。丘逢甲在此先後拜見了廣東巡撫許振禕、翰林院編修劉葆貞、菊坡精舍山長梁詩五等。許仙屏上奏朝廷，陳述丘逢甲抗日護臺的良苦用心和義烈舉動，請求朝廷褒揚錄用，朝廷批覆「歸籍海陽」。這也是丘逢甲第一次到廣州。1903年，被中國現代教育奠基人何子淵等聘為興民學堂首任監督。光緒三十年（1904年）再赴廣州，任廣東學務公所參議，長住萬木草堂。三十二年（1906年），被兩廣總督岑春煊聘為兩廣學務處視學、廣州府中學堂監督、商業職業學校監督。